เนื่องจากมหาวิทยาลัยแห่งนี้มีบทบาทสำคัญในการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองของอินโดนีเซียมาโดยตลอด โดยเฉพาะในช่วงของการโค่นล้มอำนาจของประธานาธิบดีซูการ์โน ประธานาธิบดีคนแรกของประเทศ และสนับสนุนกำเนิดยุคระเบียบใหม่ภายใต้การนำของซูฮาร์โตในช่วงปี 1965-66 หากเราเอาปัจจุบันไปตัดสินอดีตก็คงประหลาดใจว่าทำไมนักศึกษาถึงได้สนับสนุนระบอบเผด็จการอำนาจนิยม แต่หากให้ความเป็นธรรมกับนักศึกษา ก็ต้องเข้าใจว่าในช่วงต้นของยุคระเบียบใหม่ ไม่มีใครคาดคิดว่าในที่สุดซูฮาร์โตจะสืบทอดอำนาจและใช้ทุกวิถีทางเพื่อให้ตนเองอยู่ในอำนาจให้นานที่สุด ภาพของซูฮาร์โตในตอนนั้นคืออัศวินขี่ม้าขาวที่เข้ามาช่วยกู้สถานการณ์อันย่ำแย่ในทุกๆ ด้านของประเทศในขณะนั้น หลักฐานที่เป็นรูปธรรมของความภาคภูมิใจของมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียในการเป็นส่วนหนึ่งของผู้ให้กำเนิดยุคระเบียบใหม่คือการที่มีป้ายติดไว้ที่หน้ามหาวิทยาลัยความว่า “ยินดีต้อนรับเข้าสู่มหาวิทยาลัยแห่งการต่อสู้เพื่อยุคระเบียบใหม่” 

มหาวิทยาลัยอินโดนีเซียถูกก่อตั้งขึ้นในยุคอาณานิคมภายใต้ชื่อ Universiteit van Indonesia และได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น Universitas Indonesia ในปี 1950 หลังจากที่อินโดนีเซียได้เอกราชโดยสมบูรณ์จากเนเธอร์แลนด์ในปี 1949 การเปลี่ยนชื่อสะท้อนกระแสชาตินิยมเข้มข้นในขณะนั้นที่พยายามลบล้างอิทธิพลของเจ้าอาณานิคมดัตช์ รวมถึงการสร้างอาจารย์ที่จะเข้าไปสอนในมหาวิทยาลัยก็ได้พยายามส่งเสริมให้มีอาจารย์เป็นคนอินโดนีเซียมากขึ้นจากที่ในตอนแรกผู้สอนส่วนใหญ่เป็นชาวดัตช์ ในช่วงแรกมหาวิทยาลัยตั้งอยู่ที่ย่านซาเล็มบาซึ่งเป็นเขตใจกลางกรุงจาการ์ตา ก่อนที่จะขยับขยายออกไปเปิดวิทยาเขตเดป๊อกทางใต้ของจาการ์ตา แต่ไม่ว่าจะถูกย้ายไปที่ไหนนักศึกษาก็ยังคงมีบทบาทเคลื่อนไหวทางการเมืองเสมอๆ 

ในช่วงยุคระเบียบใหม่ที่เริ่มมีการควบคุมทางการเมืองแบบเข้มข้น นักศึกษาและมหาวิทยาลัยเป็นที่แรกๆ ที่จะต้องถูกควบคุม เนื่องจากว่าจากที่นักศึกษาเคยให้สนับสนุนยุคระเบียบใหม่ ก็เป็นนักศึกษาอีกเช่นกันที่เป็นกลุ่มแรกๆ ที่ออกมามีปฏิกิริยาต่อความพยายามสืบทอดอำนาจของซูฮาร์โตในเลือกตั้งปี 1971 หลังจากนั้นเป็นต้นมาการเคลื่อนไหวของนักศึกษาก็ถูกจับตามาโดยตลอด โดยเฉพาะมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียที่ตั้งอยู่ที่จาการ์ตาก็ยิ่งถูกควบคุมแบบใกล้ชิด จนกระทั่งรัฐบาลออกกฎหมายควบคุมการเคลื่อนไหวทางการเมืองของนักศึกษา ห้ามนักศึกษาชุมนุมหรือเดินขบวนประท้วงภายนอกรั้วมหาวิทยาลัย แต่ยังคงสามารถกระทำในพื้นที่มหาวิทยาลัยได้ 

นอกจากนี้กลุ่มอาจารย์มหาวิทยาลัยก็ถูกควบคุมอย่างเข้มข้นเช่นกัน มีการห้ามอาจารย์สอนเกี่ยวกับทฤษฎีสังคมนิยมมาร์กซิสต์คอมมิวนิสต์ จนถึงขนาดมีอาจารย์หลายคนทนไม่ได้ต้องลาออกจากอาชีพสอนหนังสือไป คนที่ยังอยู่ก็ต้องทรยศต่อจรรยาบรรณของความเป็นนักวิชาการ ต้องเซ็นเซอร์ตัวเองไม่พูดอะไรที่เกี่ยวข้องกับแนวคิดต้องห้ามในความคิดของรัฐบาล และการวิพากษ์วิจารณ์รัฐบาลเป็นเรื่องที่กระทำไม่ได้ อาจารย์ที่ยืนกรานจะซื่อสัตย์ต่อวิชาชีพของตนเองก็ต้องถูกข่มขู่คุกคามทั้งจากผู้บริหารมหาวิทยาลัยและอำนาจมืด 

ในการประท้วงต่อต้านรัฐบาลซูฮาร์โตของกลุ่มนักศึกษาในช่วงปี 1997-98 จะไม่เข้มแข็งและดึงดูดมวลชนได้มากอย่างที่เกิดขึ้น หากปราศจากการสนับสนุนจากนักวิชาการและอาจารย์มหาวิทยาลัย 

จุดเปลี่ยนสำคัญของการประท้วงคือช่วงปลายเดือนกุมภาพันธ์ 1998 เมื่ออาจารย์มหาวิทยาลัยเข้าร่วมกับนักศึกษาในการชุมนุมประท้วงที่มหาวิทยาลัยอินโดนีเซีย วิทยาเขตซาเล็มบา เมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 1998 ซึ่งถือว่าเป็นเหตุการณ์ที่สำคัญที่สุดเหตุการณ์หนึ่งในประวัติศาสตร์มหาวิทยาลัยอินโดนีเซีย และได้เกิดเหตุการณ์ที่เป็นสัญลักษณ์ของการเคลื่อนไหวของกลุ่มนักศึกษาในขณะนั้น โดยประธานศิษย์เก่ามหาวิทยาลัยอินโดนีเซีย อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยอินโดนีเซีย และบรรดาศาสตราจารย์ของมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียท่านอื่น ๆ เข้าร่วมการชุมนุม และได้มีการอ่านแถลงการณ์ที่มีความยาว 6 หน้า เรียกร้องให้รัฐบาลแก้ไขปัญหาวิกฤตเศรษฐกิจและสังคมที่เกิดขึ้นอย่างเร่งด่วน

การชุมนุมประท้วงที่มหาวิทยาลัยอินโดนีเซียครั้งนี้เป็นเหตุการณ์ที่สำคัญอย่างยิ่ง เพราะเป็นการสื่อสารกับสาธารณะว่า “ยุคระเบียบใหม่” ของซูฮาร์โตหมดความชอบธรรมแล้ว เพราะมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียเคยเป็นฐานสนับสนุนที่สำคัญในการขึ้นสู่อำนาจของซูฮาร์ในปี 1966 แต่ตอนนี้กลุ่มนักศึกษาและอาจารย์ได้ออกมาแสดงออกว่าไม่เอาซูฮาร์โตอีกแล้ว พร้อมกับการแสดงออกเชิงสัญลักษณ์ด้วยการใช้ผ้าขาวปิดป้ายหน้ามหาวิทยาลัย “ยินดีต้อนรับเข้าสู่มหาวิทยาลัยแห่งการต่อสู้เพื่อยุคระเบียบใหม่” ด้วยข้อความใหม่ว่า “ยินดีต้อนรับเข้าสู่มหาวิทยาลัยของการต่อสู้เพื่อประชาชน” แทน 

การที่ผู้บริหารมหาวิทยาลัยรวมถึงบรรดาอาจารย์และเจ้าหน้าที่ต่าง ๆ ออกมาให้การสนับสนุนนักศึกษาในการเคลื่อนไหวประท้วงอย่างเปิดเผย เป็นสิ่งที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน และปรากฏการณ์นี้ไม่ได้เกิดขึ้นแต่เฉพาะในมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียเท่านั้น แต่ในมหาวิทยาลัยใหญ่ ๆ ในเมืองอื่น ๆ ก็เกิดขึ้นเช่นกัน การแสดงออกและท่าทีของบรรดานักวิชาการและอาจารย์มหาวิทยาลัยเป็นการสร้างความชอบธรรมให้กับขบวนการนักศึกษา

แต่อย่างไรก็ตามก็มีเสียงวิพากษ์วิจารณ์เช่นกันว่าการออกมาของบรรดาคณาจารย์นั้นเป็นเพราะเป็นที่ประจักษ์แล้วว่ารัฐบาลซูฮาร์โตขาดความชอบธรรมจนไม่อาจจะต้านทานกระแสการประท้วงได้ พวกอาจารย์จึงได้หันมาสนับสนุนการเคลื่อนไหวของนักศึกษาแทน ทั้งที่ก่อนหน้านี้บรรดาอาจารย์ก็เป็นกลุ่มที่ทำงานเป็นเครื่องมือให้กับอำนาจรัฐมาโดยตลอด